사실 메뉴얼에 내용이 있기는 합니다.
다만, 추가로 더 설명을 드리겠습니다.

echo '<link rel="stylesheet" href="' . dx_skin_url('style.css') . '?v=' . DX_VERSION . '">' . "\n";
이렇게 하면 그 위치에서 출력이 되겠죠.

이 부분을 

<?php
dx_add_hook('dx_head', function() {
    echo '<link rel="stylesheet" href="' . dx_skin_url('style.css') . '?v=' . DX_VERSION . '">' . "\n";
}, 20);
?>

훅으로 등록해야 합니다.
이해가 되셨죠 ^^

dx_skin_url 은 다음 패치 부터 적용되니 참고만 하시면 됩니다.